Сюжет эпизода продолжает события Episode One. После взрыва Цитадели поезд, на котором уезжали Гордон Фримен и Аликс Вэнс, попадает под взрывную волну и терпит крушение. Им приходится добираться до главной базы Сопротивления — комплекса «Белая Роща» — своими силами. Главная цель — доставить в Белую Рощу данные, добытые в Цитадели, содержащие секретные планы руководства Альянса, а также код частоты сверхпортала, образовавшегося над разрушенным Сити 17. Этот портал должен вновь прочно связать Землю и вселенную Альянса, что грозит человечеству приходом подкрепления инопланетных захватчиков и повторением Семичасовой войны. Однако, используя код частоты волны портала, у повстанцев есть возможность закрыть его при помощи ракеты со спутником, на котором установлен «зен-резонатор», запустив его из Белой Рощи. Но всё усугубляется тем, что разведка Альянса обнаружила базу и туда уже направляется ударная армия. Фримен и Аликс вынуждены поторопиться, чтобы успеть доставить данные и предупредить повстанцев о надвигающейся угрозе.